Le plus ancien titre mentionnant Boissy remonte à la fin du XIe siècle ou au début du XIIe siècle : il s'agit du cartulaire des religieux de Longpont, qui relate que Lucienne, sœur d'Hugues de Crécy, a donné à ce prieuré la portion des terres qu'elle avait à Boissy et Égly. Le territoire est d'abord dénommé Buxiam, puis Bussiacum ou Buxiacum (du latin buxus (« buis ») ou du latin boscum (« bois »)).

Les premiers chevaliers y possédant des fiefs sont les seigneurs de Vaugrigneuse, Burchard et Guy. Vers 1200, Yolande d'Anjou, comtesse de la Marche, dame d'Égly et Boissy, donne à ces deux villages 100 arpents de friches.

Dès le Moyen Âge, Boissy appartient à des seigneurs importants. Sa position stratégique en bordure de la route Paris - Orléans en fait une place disputée au cours des incessantes guerres des XIVe et XVe siècles : en 1359, les Anglais minent l'église où se sont retranchés les habitants et les rançonnent de 3 000 moutons.

Devenu possession de Jean de Montagu, confisqué à sa mort en 1409, puis rendu à sa famille, les Malet de Graville, Boissy connaît à la fin de la guerre civile une période d'accalmie que les bandes de pillards, puis à nouveau la guerre civile viennent perturber. En 1458-1462, l'église est « en très mauvais état », le passage des gens de guerre a ruiné le pays.

Le calme revient à la fin du XVe siècle, mais les guerres de Religion provoquent de nouveaux ravages. Marie-Charlotte de Balzac d'Entragues, veuve du maréchal de France François de Bassompierre, restructure le domaine, que rachète en 1659 Guillaume de Lamoignon. Dès 1660, celui-ci y établit un marché par semaine et deux foires par an.

Les XVIIe et XVIIIe siècles sont des périodes de prospérité dont témoignent les nombreux hôtels que compte la cité.

La mention de la commune voisine de Saint-Yon est ajoutée dans le nom de Boissy par le bulletin des lois en 1801 :

• An II (1793) : Boissy
• Bull. des Lois (1801) : Boissy-sous-Saint-Yon

Boissy-sous-Saint-Yon, qui conserve sa vocation agricole, devient un lieu de villégiature. Mais l'éloignement du train constitue un handicap au développement économique de la commune, dont l'essor démographique ne se produit qu'après les années 1950.